De jonge Van ‘t Lindenhout is, geïnspireerd door het Woord God’s, gestart met zijn wezenopvang. ‘God is een vader der Weezen’, de bijbeltekst die hij gebruikte als inspiratiebron, is nog steeds te lezen in het museum. De weeskinderen krijgen een opvoeding waarin het evangelie een grote rol speelt: op de lagere school begint iedere ochtend met zang en gebed, tussen de middag moeten alle wezen enkele verzen uit de Bijbel lezen en op zondagochtend en donderdagavond houdt Van ‘t Lindenhout zelf godsdienstoefeningen.
De oude Weezenkapel
Tussen 1872-1873 wordt er een derde weeshuis gebouwd op Neerbosch, met daarin slaapzalen, schoollokalen en een kapel. Op 10 juli 1873 wordt de eerste ‘Weezenkapel’ ingewijd door Ds. Hoogerzeil, predikant te Arnhem. In deze weezenkapel zijn 350 zitplaatsen. Het schoollokaal en de kapel bevinden zich op de begane grond en zijn gescheiden door grote deuren. Deze deuren worden bij grote gelegenheden opengeschoven zodat er in de kapel meer ruimte is voor toehoorders.
De nieuwe Weezenkapel
Door de explosieve groei van de Weesinrichting is deze eerste Weezenkapel al snel te klein. In april van 1879 besluit het bestuur tot de bouw van een nieuwe kapel. In het najaar van dat jaar wordt 8000 gulden bij elkaar gezongen door het ‘zang- en muziekgezelschap der weezen’ voor het bouwfonds van de kapel. Van ‘t Lindenhout kiest om een ontwerp te laten maken door een architect. Dit ontwerp wordt gratis geleverd door de invloedrijke Nijmeegse architect Bert Brouwer. Vervolgens wordt het gebouw in z’n geheel neergezet door de weesjongens, onder leiding van meester timmerman van Yperen en meester metselaar Fooy. De bouwkosten bedragen circa 30.000 gulden.
In 1881 starten de jongens met de fundamenten van de nieuwe Weezenkapel. Met het oog op eventuele overstromingen is de kerk gebouwd op een kelder voor de opslag van levensmiddelen. Van ‘t Lindenhout vertelt vol trots dat ‘minstens 2000 mud aardappelen of andere levensmiddelen’ hier kunnen worden opgeslagen. Tegen de keldermuren is een kunstmatige heuvel opgeworpen, zodat het lijkt dat de kerk op een terp is gebouwd. De grond van deze heuvel kwam uit het plantsoen voor de kleermakerij. Daar is een vijver gegraven, zodat men bij een eventuele brand beschikte over water. Tijdens het regenachtige Jaarfeest op 30 augustus 1882 wordt de nieuwe kapel ingewijd.